莆田荔城区西天尾镇九莲山林山村。距市区约17公里。南少林寺前身名“林泉寺”，建于南朝永定年间（公元577年），唐初因十三棍僧救唐主有功，太宗皇帝特敕北少林昙宗方丈，在南方建少林寺，称为南少林寺。
至清初，南少林寺因反清复明被夷为平地。直至1986年，考古学家挖掘发现南少林寺遗址；1992年，福建省政府正式批准莆田市政府在遗址上重建南少林寺；1998年莆田南少林寺重建竣工；2006年，南少林寺恢复宗教活动，莆田市政府礼请时任中国佛教协会驻会副会长的学诚大和尚主持寺院工作；2012年12月29日，南少林寺举行了盛大了升座仪式，空性法师荣膺南少林寺方丈，学诚大和尚为空性法师送座。